Το Εθνικό Μητρώο Σημείων Υδροληψίας αποτελεί μία βάση δεδομένων, η οποία με την ολοκλήρωσή της θα περιλαμβάνει όλα τα στοιχεία των υφιστάμενων ενεργών ή μη ενεργών υδροληψιών (γεωτρήσεις, πηγάδια, κ.α.) της χώρας. Η εγγραφή στο Μητρώο είναι υποχρεωτική για όλους τους κατόχους υδροληψιών, οι οποίοι θα πρέπει έως την 15-5-2014 να υποβάλλουν αίτηση-δήλωση για την εγγραφή τους. Η αίτηση περιλαμβάνει στοιχεία του κατόχου και της υδροληψίας (θέση με συντεταγμένες, χαρακτηριστικά υδροληψίας, κ.α.). Όσοι έχουν καταθέσει αίτηση και δικαιολογητικά για την έκδοση άδειας χρήσης νερού ή για την ανανέωση αυτής δεν υποχρεούνται να υποβάλλουν αίτηση για την εγγραφή τους στο Μητρώο καθώς η εγγραφή γίνεται αυτόματα από τις Υπηρεσίες στις οποίες έχουν κατατεθεί οι αιτήσεις αδειοδότησης. Η μη συμμόρφωση με τα ανωτέρω επιφέρει υψηλά πρόστιμα (από 1.000 € και άνω) στους δικαιούχους.